<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">HI Karl et al.,<div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>I read the parts of the documentation that Karl indicated, concering ad lib versus all-occurrences data. Comments below.</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Comment: I suggest that you replace the first paragraph below with the second one. The differences are not many but I hope the second is clearer.</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div><p style="margin: 0.0px 0.0px 16.0px 0.0px"><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times">Remove this:<span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; "><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times"></font></span></font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 16.0px 0.0px"><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times"><span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; "><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times">Many rules surrounding INTERACT_DATA's values are closely tied to the project's data collection protocols. There are two general sorts of data on behavioral events: <i>all-occurrences</i> data and <i>ad-libitum</i> data. All occurrences data are collected only during focal animal samples. They are data on all the occurrences of a particular behavior or interaction during a given time interval and/or involving a participating focal individual.</font><font face="Times" size="4" style="font: 13.0px Times"><sup>[</sup><a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#ftn.id2946738"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">56</font></a><sup>]</sup></font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times"> Ad-libitum data are data that are collected opportunistically at the will of the observer; we do not assume that ad lib data captures all the occurrences of a given behavior. Although some ad-libitum data is collected during focal animal sampling most is not. All occurrences data have an INTERACT_DATA.<a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#Interact_Data-Sid"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">Sid</font></a> that is not </font><font face="Courier" size="4" style="font: 13.0px Courier">NULL</font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times">. Ad-libitum data have a </font><font face="Courier" size="4" style="font: 13.0px Courier">NULL</font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times"> Sid value (i.e., it was not collected during a focal animal sample). Some sorts of interactions are only collected using certain protocols. Approach (<a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#ACTS"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">ACTS</font></a>.<a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#Acts-Class"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">Class</font></a> = </font><font face="Courier" size="4" style="font: 13.0px Courier">P</font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times">), and request to groom (<a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#ACTS"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">ACTS</font></a>.<a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#Acts-Class"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">Class</font></a> = </font><font face="Courier" size="4" style="font: 13.0px Courier">R</font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times">) interactions are only collected during all-occurrences sampling; these must have a non-</font><font face="Courier" size="4" style="font: 13.0px Courier">NULL</font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times"> Sid. Although consortship and mount</font><font face="Times" size="4" style="font: 13.0px Times"><sup>[</sup><a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#ftn.id2946821"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">57</font></a><sup>]</sup></font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times"> information is collected as all-occurrences data during focal point samples that information, along with ejaculation information, is never reflected in INTERACT_DATA because, presumably, there will always be a INTERACT_DATA row for the consortship, mount, or ejaculation from the ad-libitum sample data collection. So, in Babase, consortships (<a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#ACTS"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">ACTS</font></a>.<a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#Acts-Class"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">Class</font></a> = </font><font face="Courier" size="4" style="font: 13.0px Courier">C</font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times">), mounts (<a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#ACTS"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">ACTS</font></a>.<a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#Acts-Class"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">Class</font></a> = </font><font face="Courier" size="4" style="font: 13.0px Courier">M</font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times">), and ejaculation (<a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#ACTS"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">ACTS</font></a>.<a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#Acts-Class"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">Class</font></a> = </font><font face="Courier" size="4" style="font: 13.0px Courier">E</font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times">) rows always have a </font><font face="Courier" size="4" style="font: 13.0px Courier">NULL</font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times"> Sid.</font></span></font></p>Insert this:</div><div><!--StartFragment--> <div class="MsoNormal"><span style="font-size:16.0pt;font-family:Times-Roman">Many rules surrounding INTERACT_DATA's values are closely tied to the project's data collection protocols. There are two sorts of data collected on behavioral interactions: </span><span style="font-size:16.0pt;font-family:Times-Italic"><i>all-occurrences</i></span><span style="font-size:16.0pt;font-family:Times-Roman"> data and </span><span style="font-size:16.0pt;font-family:Times-Italic"><i>ad-libitum</i></span><span style="font-size:16.0pt;font-family:Times-Roman"> data. All occurrences data are collected only during focal animal samples. They are data on all the occurrences of a particular behavior or interaction during a given time interval and/or involving a participating focal individual.</span><span style="font-size:13.0pt;font-family:Times-Roman"><sup>[<a href="file://localhost/babase_system.html#ftn.id2946738"><span style="text-decoration:none;text-underline:none;vertical-align:baseline; vertical-align:baseline">56</span></a></sup></span><span style="font-size:13.0pt; font-family:Times-Roman"><sup>]</sup></span><span style="font-size:16.0pt; font-family:Times-Roman"> All occurrences data will always have an INTERACT_DATA.<a href="file://localhost/babase_system.html#Interact_Data-Sid"><span style="text-decoration:none;text-underline:none">Sid</span></a> that is not </span><span style="font-size:13.0pt;font-family:Courier">NULL</span><span style="font-size: 16.0pt;font-family:Times-Roman">. Ad-libitum data are data that are collected opportunistically at the will of the observer; we do not assume that ad lib data capture all the occurrences of a given behavior. Ad-libitum data, which generally are not collected as part of focal animal samples, have a </span><span style="font-size:13.0pt;font-family:Courier">NULL</span><span style="font-size: 16.0pt;font-family:Times-Roman"> Sid value (i.e., they were not collected during a focal animal sample and hence have no Sid). Some sorts of interactions are only collected during focal sampling and not as <i>ad libitum</i></span><span style="font-size:16.0pt;font-family:Times-Roman"> data outside of focal samples. Approach (<a href="file://localhost/babase_system.html#ACTS"><span style="text-decoration:none;text-underline:none">ACTS</span></a>.<a href="file://localhost/babase_system.html#Acts-Class"><span style="text-decoration: none;text-underline:none">Class</span></a> = </span><span style="font-size: 13.0pt;font-family:Courier">P</span><span style="font-size:16.0pt;font-family: Times-Roman">), and request to groom (<a href="file://localhost/babase_system.html#ACTS"><span style="text-decoration:none;text-underline:none">ACTS</span></a>.<a href="file://localhost/babase_system.html#Acts-Class"><span style="text-decoration: none;text-underline:none">Class</span></a> = </span><span style="font-size: 13.0pt;font-family:Courier">R</span><span style="font-size:16.0pt;font-family: Times-Roman">) interactions are examples of this; they are only collected during all-occurrences sampling; these must have a non-</span><span style="font-size:13.0pt;font-family:Courier">NULL</span><span style="font-size: 16.0pt;font-family:Times-Roman"> Sid. Although consortship and mount</span><span style="font-size:13.0pt;font-family:Times-Roman"><sup>[<a href="file://localhost/babase_system.html#ftn.id2946821"><span style="text-decoration:none;text-underline:none;vertical-align:baseline; vertical-align:baseline">57</span></a></sup></span><span style="font-size:13.0pt; font-family:Times-Roman"><sup>]</sup></span><span style="font-size:16.0pt; font-family:Times-Roman"> data are collected as all-occurrences data during focal point samples, these data are also collected, simultaneously and in more detail, in <i>ad libitum</i></span><span style="font-size:16.0pt;font-family: Times-Roman"> notes. Consequently, they appear in INTERACT_DATA as <i>ad libitum</i></span><span style="font-size:16.0pt;font-family:Times-Roman"> data, not as all occurrences data, and in Babase, consortships (<a href="file://localhost/babase_system.html#ACTS"><span style="text-decoration: none;text-underline:none">ACTS</span></a>.<a href="file://localhost/babase_system.html#Acts-Class"><span style="text-decoration: none;text-underline:none">Class</span></a> = </span><span style="font-size: 13.0pt;font-family:Courier">C</span><span style="font-size:16.0pt;font-family: Times-Roman">), mounts (<a href="file://localhost/babase_system.html#ACTS"><span style="text-decoration:none;text-underline:none">ACTS</span></a>.<a href="file://localhost/babase_system.html#Acts-Class"><span style="text-decoration: none;text-underline:none">Class</span></a> = </span><span style="font-size: 13.0pt;font-family:Courier">M</span><span style="font-size:16.0pt;font-family: Times-Roman">), and ejaculation (<a href="file://localhost/babase_system.html#ACTS"><span style="text-decoration:none;text-underline:none">ACTS</span></a>.<a href="file://localhost/babase_system.html#Acts-Class"><span style="text-decoration: none;text-underline:none">Class</span></a> = </span><span style="font-size: 13.0pt;font-family:Courier">E</span><span style="font-size:16.0pt;font-family: Times-Roman">) rows always have a </span><span style="font-size:13.0pt; font-family:Courier">NULL</span><span style="font-size:16.0pt;font-family:Times-Roman"> Sid.<o:p></o:p></span></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times-Roman" size="6"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 21px;"><br class="webkit-block-placeholder"></span></font></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times-Roman" size="6"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 21px;">Two paragraphs below that, I suggest replacing this paragraph:<span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; "><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times">The columns of this table that contain times, Start and Stop, are stored using a data type that has a precision of 1 second. The <a href="http://www.princeton.edu/~baboon/monitoring_guide.htm"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">Amboseli Baboon Research Project Monitoring Guide</font></a> must be consulted regarding the precision and accuracy of the data itself. It is expected that ad-libitum data is entered with a 1 minute precision.</font><font face="Times" size="4" style="font: 13.0px Times"><sup>[</sup><a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#ftn.id2947058"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">58</font></a><sup>]</sup></font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times"> Consequently the seconds portion of the time value must always be 0 when Sid is </font><font face="Courier" size="4" style="font: 13.0px Courier">NULL</font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times">. All-occurrences interaction data (Sid is not </font><font face="Courier" size="4" style="font: 13.0px Courier">NULL</font><font face="Times" size="5" style="font: 16.0px Times">) does contain seconds.</font><font face="Times" size="4" style="font: 13.0px Times"><sup>[</sup><a href="https://papio.biology.duke.edu/babase_system.html#ftn.id2947089"><font color="#0000ff" style="color: #0000ff">59</font></a><sup>]</sup></font></span></span></font></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;"><br class="webkit-block-placeholder"></span></font></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;">With this one:</span></font></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;"> <!--StartFragment--> <div class="MsoNormal"><span style="font-size:16.0pt;font-family:Times-Roman">The columns of this table that contain times, Start and Stop, are stored using a data type that has a precision of 1 second. The <a href="http://www.princeton.edu/~baboon/monitoring_guide.htm"><span style="text-decoration:none;text-underline:none">Amboseli Baboon Research Project Monitoring Guide</span></a> must be consulted regarding the precision and accuracy of these data. It is expected that ad-libitum data are entered with a 1 minute precision.</span><span style="font-size:13.0pt;font-family: Times-Roman"><sup>[<a href="file://localhost/babase_system.html#ftn.id2947058"><span style="text-decoration:none;text-underline:none;vertical-align:baseline; vertical-align:baseline">58</span></a></sup></span><span style="font-size:13.0pt; font-family:Times-Roman"><sup>]</sup></span><span style="font-size:16.0pt; font-family:Times-Roman"> Consequently the seconds portion of the time value must always be 0 when Sid is </span><span style="font-size:13.0pt;font-family: Courier">NULL</span><span style="font-size:16.0pt;font-family:Times-Roman">. All-occurrences interaction data (Sid is not </span><span style="font-size: 13.0pt;font-family:Courier">NULL</span><span style="font-size:16.0pt; font-family:Times-Roman">) do contain seconds.</span><span style="font-size: 13.0pt;font-family:Times-Roman"><sup>[<a href="file://localhost/babase_system.html#ftn.id2947089"><span style="text-decoration:none;text-underline:none;vertical-align:baseline; vertical-align:baseline">59</span></a></sup></span><span style="font-size:13.0pt; font-family:Times-Roman"><sup>]</sup></span></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times-Roman" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><br class="webkit-block-placeholder"></span></font></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times-Roman" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">Also note that throughout it will be good, at some point, to do a global replace of "data is" with "data are", "data that is" with "data that are", "data was" with "data were", etc., to keep consistent with the fact that "data" is a plural word.</span></font></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times-Roman" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><br class="webkit-block-placeholder"></span></font></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times-Roman" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">I also read through Samples and several other Psion sections, and it looks good. I did not do an exhaustive read. But I think I've done all you requested, Karl, pending my input on MPI documentation, will I will not keep on my list for before I leave for Kenya (5 Mar).</span></font></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times-Roman" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><br class="webkit-block-placeholder"></span></font></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times-Roman" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">THanks,</span></font></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times-Roman" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">Susan</span></font></div><div class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Times-Roman" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><br class="webkit-block-placeholder"></span></font></div> <!--EndFragment--> </span></font></div> <!--EndFragment--> <div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div>-----------------------------------------------</div><div>Susan Alberts, Dept. Biology, Duke University, Durham NC 27708. Phone 919-660-7272, Fax 919-660-7293. <a href="mailto:alberts@duke.edu">alberts@duke.edu</a></div><div><br class="khtml-block-placeholder"></div><br class="Apple-interchange-newline"></span></span> </div><br></div></body></html>